وی در کتب تراجم و در تعبیر بزرگان علما٬ به این اسامی و تعبیرات یاد شده است: استاد الکل فی الکل٬ محقق خوانساری٬ آقا٬ استاد اهل تحقیق. وی بیشتر به همان نامش " آقا حسین خوانساری" خوانده شده است. لقب آقا در میان علمای بزرگ نخست تعلق به او داشت. چون در حوزه علمیه پر رونق اصفهان علما و فضلا به او آقا می گفتند٬ به همین دلیل فرزندان دانشمندش آقا جمال و آقا رضی هم با همین پیشوند آقا نامبردار بودند. هم چنین لقب استاد الکل فی الکل نخست به او اطلاق می شده و بعدها آقا محمد باقر بهبهانی معروف به آقا و استاد کل شد.
آقا حسین خوانساری در حوزه علمیه بزرگ اصفهان در اواسط دوران صفویه٬ با وجود دانشمندان بزرگی هم چون علامه مجلسی اول٬ ملا محمد باقر سبزواری٬ شیخ حسنعلی شوشتری و میرزا رفیع الدین طباطبایی نائینی٬ سر آمد علمای عصر بوده است.
از تالیفات وی : حاشیه بر الهیات شفا٬ حاشیه بر حاشیه ی ملا جلال دوانی بر تصدیقات شرح مطالع و متعلقات٬ رساله ی شبهه ی ظفر٬ رساله در تشکیک٬ رساله شبهه ایمان وکفر٬ رساله جبر و اختیار.
وی در سرودن شعر به زبان عربی . فارسی نیز چیره دست بوده است. برخی از اشعار وی:
۱- تا دست به همت رسایی نزنی
بر منت خلق پشت پایی نزنی
چون حلقه مباش در جهان چشم تهی
تا هر ساعت در سرایی بزنی
۲- تا کی پی هر صورت زشتی باشی
در مذهب آب و گل کنشتی باشی
دل بر نکنی ز قالبی چند تهی
خاکت بر سر که کم ز خشتی باشی
آقا حسین خوانساری در سال ۱۰۹۸ ه.ق در اصفهان فوت کرد و بنا به وصیت خودش او را در بیابان بابا رکن الدین( تخت فولاد) به خاک سپردند.
