یکی از مراکزی که از گذشته های دور تاکنون پایگاه و اقامت گاه دائم یا موقت خوانساریان بوده و هست شهر مقدس قم می باشد. از دلایل این امر می توان به وجود بارگاه مقدس حضرت معصومه (س) و نیز حوزه علمیه این شهر اشاره کرد. در این شهر مقدس آثار و نشانه های بسیاری به ویژه آرامگاه های بسیاری از خوانساریان قدیم وجود دارد که یکی از آنها آرامگاه خصوصی و خانوادگی خاندان موسوی خوانساری است که در جوار بنای شاهزاده احمد ابن قاسم و خواهرش سیده فاطمه است. البته در مکان های دیگر هم چون خود حرم حضرت معصومه نیز این آرامگاه ها وجود دارد که در پست های آینده بدان ها اشاره خواهد شد.